Nach seiner ersten Saison bei FK Belasica 2000/01, wo er in 18 Einsätzen 6 Treffer erzielte, wechselte er zu Inter Mailand, wo er an Spezia und Ancona ausgeliehen wurde. 2004 verpflichtete ihn Lazio Rom, wo Pandev bis 2009 unter Vertrag stand und ich 159 Spielen 48 Tore schoss. Danach folgte der erneute Wechsel zu Inter und anschließend nach Mailand zu Internazionale, bevor sich Pandev 2014 Galatasaray Istanbul anschloss. Seit 2015 spielt Pandev bei CFC Genua in der Serie A.

Goran Pandev lief bis jetzt 114 Mal für die Nordmazedonische Nationalmannschaft auf und war dabei 36 Mal als Torschütze erfolgreich. Somit hält er den Rekord für die meisten Einsätze und die meisten erzielten Treffer in der Nationalmannschaft. Aufgrund des hohen Alters und der absehbaren Leistung der Mannschaft, dürfte er bei EM 2021 Wetten auf den besten Torschützen keine Rolle spielen.